Theo hướng dẫn, về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Cục Thuế viện dẫn Điều 13 và Điều 14 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ và Điều 16, Điều 17 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC).
Các văn bản này quy định: Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản bao gồm cả thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất; thu nhập từ cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản. Thu nhập chịu thuế từ chuyển nhượng bất động sản được xác định bằng doanh thu từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản trừ giá vốn và các khoản chi phí được trừ có liên quan.
Trên cơ sở đó, Cục Thuế khẳng định, đối với trường hợp doanh nghiệp có hoạt động chuyển quyền sử dụng đất thuê (đất nộp tiền thuê một lần cho cả thời gian thuê), thì khoản thu nhập này được xác định là thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản.
Khoản thu nhập này phải hạch toán riêng để kê khai, nộp thuế và không áp dụng ưu đãi thuế TNDN. Trường hợp giá chuyển nhượng theo hợp đồng thấp hơn giá đất tại bảng giá do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố ban hành tại thời điểm ký hợp đồng thì giá tính thuế được xác định theo bảng giá đất của địa phương.
Về thuế giá trị gia tăng (GTGT), Cục Thuế dẫn quy định tại khoản 1 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ (sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP). Theo đó, giá tính thuế GTGT đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản là giá chuyển nhượng trừ đi giá đất được trừ để tính thuế GTGT. Trong đó, trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của tổ chức, cá nhân, giá đất được trừ là giá tại thời điểm nhận chuyển nhượng, không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng.
Nếu không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì lấy theo giá đất do UBND tỉnh, thành phố quy định.
Trường hợp giá chuyển nhượng đã bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng, thì giá đất được trừ là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng, không bao gồm hạ tầng. Nếu không tách được giá trị hạ tầng thì áp dụng giá đất do UBND tỉnh, thành phố ban hành.
