Cụ thể, tổ chức quản lý nền tảng thương mại điện tử thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân, hộ kinh doanh qua các phương thức:
- Cổng hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính (TTHC) của Cục Thuế;
- Cổng dịch vụ công Quốc gia;
- Dịch vụ thanh toán của ngân hàng thương mại, chi nhánh ngân hàng nước ngoài;
- Nộp tiền thuế qua ứng dụng eTaxMobile.
Nộp qua Cổng thông tin tiếp nhận và xử lý TTHC
Bước 1: Hộ, cá nhân đăng nhập vào Cổng thông tin tiếp nhận và xử lý TTHC theo MST đã được cấp, chọn chức năng Lập Giấy nộp tiền.
Bước 2: Hộ, cá nhân kê khai hoặc kiểm tra thông tin trên Giấy nộp tiền:
- Trường hợp nộp cho nghĩa vụ thuế chưa có mã ID khoản phải nộp: hộ, cá nhân kê khai các thông tin trên Giấy nộp tiền vào NSNN gồm: thông tin về cơ quan thuế, Kho bạc Nhà nước (KBNN) nơi phát sinh khoản thu; thông tin về khoản thuế nộp ngân sách nhà nước (NSNN).
- Trường hợp nộp cho nghĩa vụ thuế đã có mã ID khoản phải nộp, đồng thời đáp ứng yêu cầu về thứ tự thanh toán: hộ, cá nhân kiểm tra thông tin Giấy nộp tiền vào NSNN đã được hệ thống điền sẵn thông tin theo mã ID khoản phải nộp.
Bước 3: Hộ, cá nhân xác nhận hoàn thành lập Giấy nộp tiền vào NSNN bằng cách nhập mã OTP được gửi đến số điện thoại đã đăng ký.
Bước 4: Hộ, cá nhân tra cứu Giấy nộp tiền và các Thông báo có liên quan tại Cổng thông tin tiếp nhận và xử lý TTHC.

Nộp qua Cổng dịch vụ công Quốc gia
Bước 1: Hộ, cá nhân đăng nhập vào Hệ thống Cổng Dịch vụ công quốc gia theo quy định của Cổng Dịch vụ công quốc gia, lựa chọn thanh toán thuế
Lưu ý: trước khi thực hiện thanh toán thuế, người nộp thuế thực hiện liên kết tài khoản với ngân hàng nơi người nộp thuế mở tài khoản thanh toán theo hướng dẫn của Cổng Dịch vụ công quốc gia.
Bước 2: Hộ, cá nhân kê khai thông tin về cơ quan thuế, KBNN nơi phát sinh khoản thu, thông tin về khoản thuế nộp NSNN tại Giấy nộp tiền vào NSNN và xác nhận hoàn thành lập Giấy nộp tiền vào NSNN.
Bước 3: Hộ, cá nhân tra cứu Giấy nộp tiền và các Thông báo có liên quan tại Cổng Dịch vụ công quốc gia.
Nộp qua các dịch vụ thanh toán điện tử của ngân hàng thương mại, chi nhánh ngân hàng nước ngoài
Bước 1: Hộ, cá nhân thực hiện nộp thuế qua hệ thống ngân hàng thương mại, chi nhánh ngân hàng thông qua các hình thức, dịch vụ do ngân hàng cung cấp như: nộp tiền tại quầy, thông qua ứng dụng Internet Banking, MobileBanking.
Bước 2: Hộ, cá nhân tra cứu Giấy nộp tiền và các Thông báo có liên quan tại Cổng thanh toán điện tử của Ngân hàng.
Nộp qua ứng dụng eTaxMobile (đối với cá nhân cư trú có mã số định danh cá nhân)
Bước 1: Hộ, cá nhân thực hiện đăng nhập ứng dụng eTaxMobile bằng tài khoản “Đinh danh điện tử” hoặc tài khoản thuế điện tử đã được cấp cho hộ, cá nhân.
Bước 2: Chọn “Nhóm chức năng nộp thuế”
- Trường hợp chưa phát sinh nghĩa vụ thuế (nộp trước tiền thuế), hộ, cá nhân chọn chức năng “Tự lập giấy nộp tiền” và điền đầy đủ các thông tin gồm: thông tin về cơ quan thuế, KBNN nơi phát sinh khoản thu; thông tin về khoản thuế nộp NSNN theo mẫu hiển thị trên ứng dụng.
- Trường hợp đã phát sinh nghĩa vụ thuế, hộ, cá nhân chọn chức năng “Nộp thuế”; chọn tiếp “Tra cứu khoản nộp”; chọn tiếp “Nộp thuế”, chọn tiếp “Tạo giấy nộp tiền”, và thực hiện các bước tiếp theo tại ứng dụng.
Bước 3: Sau khi hoàn nhập thông tin trên Giấy nộp tiền, hộ, cá nhân thực hiện nhập mã OTP của ngân hàng liên kết để nộp thuế.